Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges est assaillie par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVAs. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact. Quelle est la véritable nature du Plan de Complémentarité de l'Homme? Qui sont réellement les Anges? Quel but poursuit la NERV? Est-ce la fin de l'être humain tel que nous le connaissions?