A l'Académie Cross, les vampires et les humains coexistent mais ne cohabitent pas et pour ce faire, les deux bâtiments sont séparés afin de limiter les contacts entre les deux mondes. Yûki et Zero ont été désignés pour veiller sur le bon déroulement de la vie des lycéens et surtout pour garder le secret. Les humains ne doivent pas savoir qu'ils vivent aux côtés de ces suceurs de sang.Yûki, fille adoptive du directeur Cross, s'efforce de convaincre Zero que tous les vampires ne sont pas mauvais mais en vain, c'est plus fort que lui, Zero nourrit une haine féroce contre ces monstres.