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2030. Néo-Tokyo est devenue une gigantesque poubelle hi-tech. Tetsuo, Kanéda et leur bande de jeunes du centre d'insertion et d'apprentissage professionnel foncent dans la nuit sur des motos volées, sans autre but que de repousser toujours plus loin les limites du speed. Quand ils croisent un drôle de petit garçon au visage de vieillard, leur premier réflexe est de l'agresser mais cette créature perdue possède un étrange moyen de défense... Ils viennent de faire connaissance avec le n°26 et de franchir, sans s'en rendre compte, la première étape d'un processus irréversible : le réveil d'Akira...

Un jour seulement après avoir subi une opération, l'intrépide Eikichi Onizuka décide de quitter son lit d'hôpital pour participer à une émission de télévision (on ne sait jamais, si ça pouvait lui permettre de taper dans l'œil d'une jolie fille...). Le thème de cette dernière ? « Les blagues potaches des enseignants ». Un sujet drôle, léger... qui prend une drôle de tournure lorsque Eikichi annonce pour sa part avoir failli enterrer vivante une de ses élèves (voir le volume 7 de GTO). Une tentative d'humour pas franchement appréciée, et un Onizuka qui, désormais traité en paria, n'a plus qu'une solution pour échapper à la vindicte populaire : faire profil bas, le temps que l'histoire se tasse. Le jeune professeur retourne alors à Tsujidô, dans la région de Shônan, qu'il connaît mieux que personne (voir Young GTO). Mais alors qu'il pensait se la couler douce, son destin d'enseignant le rattrape : Eikichi se retrouve dans un foyer pour jeunes en difficultés, le centre White Swan, et tente à sa manière de soigner les blessures psychologiques de ces adolescents qui ont appris à se méfier des adultes. Ses 14 jours de planque vont alors se transformer en 14 jours d'enfer, mais, on le sait, plus le défi à relever est grand, plus la motivation de notre « Great Teacher » est grande !

Un jour, Hikaru, 11 ans, trouve dans une remise une vieille table de go. Soudain, de celle-ci surgit un fantôme qui y était enfermé : le fantôme de Saï Fujiwara, un génie du jeu de go à l'époque Heïan (VIIIe à XIIe siècle) qui s'introduit dans l'esprit de Hikaru. Acceptant de permettre à Saï de jouer au go contre quelqu'un, Hikaru fait la connaissance de Akira Toya, fils du meilleur joueur japonais et promis lui aussi à un brillant avenir. La passion de Saï et de Akira pour ce jeu entraîne peu à peu Hikaru dans le monde du go…