Misaki vient juste d'emménager avec son père à Hohoro, la ville natale de sa mère (morte depuis quelques années déjà) : en effet, à la mort du Docteur Ôtori (son arrière grand-père), Misaki et son père ont hérité de sa maison. C'est ainsi qu'une nouvelle vie commence pour Misaki. Mais un soir, alors qu'elle rentre de l'école avec une de ses nouvelles amies, elle trouve une étrange créature : Nio (en référence à « Matrix »). Ce dernier a la particularité de se transformer en petit garçon quand on l'embrasse, et de reprendre sa forme originelle quand il rentre en contact avec de l'eau. Misaki va très vite décider de l'adopter. Peu à peu, au contact de ce dernier, la jeune fille va retrouver des bribes de souvenirs de sa plus tendre enfance, des souvenirs qu'elle avait étrangement oubliés...\nMais ce nouveau quotidien de Misaki va être très vite perturbé par d'étranges évènements : un avion va s'écraser dans le lac de Hohoro. Ai Nakabayashi, la seule survivante du crash, semble animée par de douteuses motivations... Quels liens entre cela et la sombre affaire d'enlèvement qui s'est déroulée quelques jours plus tôt à Tôkyô ? Quel secret entoure la naissance de la jeune Misaki ? Et quel est le lien entre Nio et le fait que le Docteur Ôtori, le grand-père de Misaki, était un biologiste ?
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